藍綠藻在線分析儀是利用藍藻在光譜中有吸收峰和發射峰這一特性，發射特定波長的單色光照射到水中，水中的藍藻吸收該單色光的能量，釋放出另外一種波長的單色光，藍藻發射的光強與水中藍藻的含量成正比。
儀器通過實時、現場操作，可在無需人工操作的情況下實現從水樣采集到數據輸出的快速分析。許多結構復雜的在線水質分析儀器已經具有了自動診斷、自動校準、自動清洗、故障報警等功能，以保證分析結果可靠性和儀器的長時間*運行。
儀器廣泛應用于水環境自動監測站、自來水廠、地區水界點、水質分析室、排放廢水和污水的水質總鋅含量監測以及各級環境監管機構對水環境的監測。
藍綠藻在線分析儀的穩定性一般較高，所以對環境因素的要求也相對其它分析儀器較高。但總的來講，影響儀器穩定性的因素主要有以下三個方面：
1、壓力：每種分析儀器，尤其是水質分析儀器都會對進樣有壓力要求，在進行儀器安裝時，不但要保證樣品壓力符合儀器要求，而且要保證壓力的穩定，這可以通過安裝調壓閥來實現;
2、流量：不同的儀器對流量也有著嚴格的要求。不管是電化學原理、光學原理、質譜等分析儀器，都會要求樣品在一定流量下通過，唯有如此，才能保證分析的科學性和準確度;
3、溫度：每種機器都有適應于其本身的溫度要求，這緣于儀器本身材料的構成，也緣于分析原理的要求。所以要求較高的分析儀器都要安裝在恒溫的分析小屋內。
只要保證了上面三個因素，基本上就可以保證藍綠藻在線分析儀的穩定性了。
